Можно использовать gsubfn
library(gsubfn)
gsubfn("\\w\\s\\w", setNames(as.list(c), sapply(c, function(x) gsub("-", " ", x))), s)
#[1] "a-bc de fg-hij-klmn 123-45 789"
Объяснение: Мы сопоставляем \\w\\s\\w
и заменяем их шаблонами, указанными в list
setNames(as.list(c), sapply(c, function(x) gsub("-", " ", x)))
#$`a b`
#[1] "a-b"
#
#$`g h`
#[1] "g-h"
#
#$`j k`
#[1] "j-k"
#
#$`x z`
#[1] "x-z"
#
#$`y 5`
#[1] "y-5"
#
#$`3 4`
#[1] "3-4"
Или даже короче (спасибо @ Вэнь-Бену)
gsubfn("\\w\\s\\w", setNames(as.list(c), gsub("-", " ", c)), s)