Прежде всего, если это две разные среды, которые являются взаимоисключающими, вам следует подумать о том, чтобы узнать больше о Профили пружины
Если дело в том, что вы загружаете два бина и вам необходимовызывая одну базу данных для обработки одной работы и другую базу данных для обработки другой части работы, вы можете создать два домена и два репозитория, затем настроить два источника данных и указать, для каких пакетов будет выполняться источник данных, на основе параметра, как в этот пример