Если вы хотите проверить длину двух массивов, вы можете использовать свойство length
if (words1.Length == words2.Length)
Чтобы проверить, существует ли слово из массива words1 и в words2, вы можете использовать linq.Выполните итерацию по всем словам в словах слов1 и проверьте, есть ли одно в массиве слов2.Когда не вернуть false
foreach (var word1 in words1)
{
bool word1ExistsInWords2 = words2.FirstOrDefault(word2 => word2 == word1) == null ? false : true;
}