Это определенно не только Java, есть модуль Apache, доступный для загрузки на сайте Shibboleth.
Я не знаю, есть ли что-то конкретное для .NET.
Мы внедрили Shibboleth некоторое время назад и изначально пытались использовать решения Java - это был кошмар. Java-приложения были плохо написаны, глючили и плохо документировались. Это было хлопот за хлопотами, и мы в конечном итоге решили использовать модуль Apache на выделенном сервере и перенаправить успешно аутентифицированных пользователей в наше приложение Tomcat.
Модуль Apache был прост в установке, настройке и работе.
Не знаю, осознали ли вы уже, но с документацией и сайтом Shib очень сложно ориентироваться - это борьба за поиск полезной информации. Я пошел и стал искать там реализацию .NET, но сдался!
Если что-то из нашего опыта работы с Java еще не решено, я бы серьезно предложил настроить сервер Apache с установленным модулем Shibboleth и избавить себя от боли.
Это хороший сайт для тестирования вашей установки Shibboleth после ее установки: http://www.testshib.org/testshib-two/index.jsp
Если вы найдете хорошее решение .NET, мне было бы очень интересно узнать об этом. Удачи!