В настоящее время из документации Filebeat и окружающих его ресурсов невозможно получить точную однократную доставку с Filebeat. В настоящее время используется хотя бы один раз доставки, то есть вы получите сообщение 1 или более раз.
Хотя Kafka может поддерживать семантику "точно один раз", похоже, что Filebeat не поддерживает семантику "точно один раз". Filebeat должен был бы реализовать эти конфигурации для поддержки доставки только один раз.