По моему опыту, Scene Builder не является надежным источником для оценки того, как выглядит графический интерфейс. Он всегда обрезает макет по краям большинства внешних элементов, игнорируя любые поля или отступы, которые вы установили для большинства внешних элементов.
Я бы предложил всегда компилировать вашу программу, чтобы увидеть, как она на самом деле выглядит (я знаю, с ней работать медленнее, но гораздо надежнее).
Может быть, ваш класс CSS paneMainPage
устанавливает некоторые отступы? Или вы добавляете поля для каждой кнопки в классе CSS внутри mainStage_stylesheet.css
?