Первый оператор if встречается, так как значение a больше 0. Результат, который вы ищете, может быть достигнут с помощью следующего блока if / elif:
a = 3
if a == 3:
print(3)
elif a == 2:
print(2)
elif a == 1:
print(1)
else:
print(a)
Выше будет проверять переменную для трех условий, печатая желаемый результат. Else: перехватит любой другой ввод и напечатает переменную.