Это централизованный планировщик задач или что-то, что вы хотите, чтобы машина каждого пользователя запускалась?
Для централизованного планировщика я бы рекомендовал, как сказал Бридж, использовать службу Windows. Вы можете настроить планировщик как простой метод службы Windows или создать ссылку на свой пользовательский класс и вызвать из него метод.
Более гибкий вариант - разместить службу WCF в службе Windows и использовать службу WCF в качестве планировщика. Вы можете общаться со службой WCF по сети, чтобы она работала. Например. Изменить расписание или запустить сейчас.