Если вы используете Visual Studio 2008: добавьте элемент типа «Файл манифеста» в свой проект, затем выберите на странице «Свойства проекта - Приложение».
Если нет, вам нужно использовать mt.exe, Microsoft Manifest Tool. См. эту статью о сертификации приложения для Windows Vista (написано мной, кстати): одна из вещей, которые она объясняет, - это как встроить файл манифеста в решение Visual Studio 2005, вы можете использовать такой же подход и для других сред.