Вообще говоря, эта ошибка возникает, когда IIS не настроен правильно для вашего развертывания. Вы заявляете, что это установлено на поддомен на вашем размещенном сервере, что на первый взгляд указывает, что эта ошибка просто не должна появляться. Но я должен спросить, с какими URL вы это видите? (Всего один или два, если не возражаете.)
Обычно эта ошибка всегда возникала у меня, когда я помещал приложение .NET в каталог на сайте IIS и забывал правильно настроить этот каталог как виртуальный каталог и приложение. В результате некоторые записи конфигурации, которые находятся только на уровне приложения, заставили платформу ASP.NET вызвать ваше исключение.
Если ваши URL выглядят правильно, проверьте, предоставляет ли ваш хост прямой доступ к настройкам IIS. Если это так, вы можете дважды проверить все настройки напрямую и убедиться, что они правильные.