Группировка лиц по Q баллам в структурном графике в пакете LEA - PullRequest
2 голосов
/ 19 апреля 2019

Я выполнил структурный анализ своих данных SNP с использованием пакета LEA в R. У меня есть графический вывод, однако, это беспорядок, потому что люди не распределены по Q-баллам. Кто-нибудь знает, как группировать людей вдоль оси х по Q баллу?

output = vcf2geno("kobo.vcf", "kobo.geno")

obj.at = snmf(output, K = 1:10, ploidy = 2, entropy = T,
              CPU = 2, project = "new")

qmatrix = Q(obj.at, K =9)

barplot(t(qmatrix), col = c("orange","red","green" , "blue", "pink", "yellow", "grey", "purple"), border = NA, space = 0,
        xlab = "Individuals", ylab = "Admixture coefficients")

Вот что я получаю: myresults

Но я хочу изменить его так, чтобы он выглядел примерно так: expected resultsenter image description here

Как выглядит Qmatrix

enter image description here

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...