Я думаю, нам понадобятся дополнительные спецификации о вашей ОС и версии Python. Я запустил его на Python 3.5.0 и Windows 10 с результатом:

Так что я не думаю, что это ошибка в вашем коде. Мне пришлось добавить все функции и импортировать, что вы пропустили, так что то, что я запустил, в итоге выглядело так:
from tkinter import *
window = Tk()
def click():
print('click')
def clear():
print('clear')
def repeat():
print('repeat')
def close():
print('close')
window.configure(bg="black")
window.title("Magic 8 Ball")
Label(window, text="Ask the Magic 8 Ball the question on your mind or enter X to exit: ", bg="black", fg="white")\
.grid(row=0, column=0)
# Create entry box to type question
entrybox = Entry(window, width=30, bg="white")
entrybox.grid(row=1, column=0)
# Create output box at below buttons
output = Text(window, bg="white", fg="black", width=40, height=5)
output.grid(row=4, column=0)
# Create 4 button: Ask, Clear, Play Again, Quit
button_frame = Frame(window)
button_frame.configure(bg="black")
button_frame.grid(row=2, column=0)
#button_frame.pack(fill=X, side=BOTTOM)
Button(button_frame, text="Ask", width=10, bg="black", fg="white", command=click).grid(row=2, column=0)
Button(button_frame, text="Clear", width=10, command=clear).grid(row=2, column=1)
Button(button_frame, text="Play Again", width=10,command=repeat).grid(row=3, column=0)
Button(button_frame, text="Quit", width=10, command=close).grid(row=3, column=1)
window.mainloop()