Для великолепного вида огромного C ++ проекта с тоннами вложенных автоматически сгенерированных Makefile, я предлагаю вам проверить исходники QT 4. Удивительно, как они достигли очень прочной и надежной структуры с таким количеством подпроектов и зависимостей. В любом случае это правда, что они используют QMake (собственный инструмент) для обработки файлов .pro (определения проекта) и .pri (включение проекта).
Недавно я работал с CMake build system , и должен сказать, что это очень удобно, заставляя вас разделять исходные коды от двоичных файлов по дизайну и с помощью в целом хороших инструментов для настройки параметров вашего компилятора. Я знаю, что это должно быть совместимо с Eclipse, проверьте здесь для деталей. Это позволит также графически настраивать и создавать инструмент в рамках Eclipse.