Попробуйте это:
adb shell su -c sqlite3 /data/data/com.android.chrome/app_chrome/Default/Cookies "\"select count(*) from cookies;\""
или
query="\"select count(*) from cookies;\""
adb shell su -c sqlite3 /data/data/com.android.chrome/app_chrome/Default/Cookies "$query"
Полагаю, проблема в двойных кавычках. Я до сих пор не совсем уверен, почему эти двойные кавычки нужны в запросе, но это наверняка сработает.