Использование $ (document) .ready () во внешнем файле javascript - это нормально - это будет работать точно так же :) На самом деле - это не только будет работать, но и является хорошей практикой, поскольку помогает разделить контент ( HTML) из поведения (Javascript).
В ответ на вопрос вашего раздела - вы можете объединить все свои плагины в один файл javascript и добавить ссылку на него внутри . Вы также можете попробовать минимизировать сценарии, хотя обычно это немного излишне, пока сайт не заработает.
Когда я использую jQuery, я обычно использую такую структуру:
<html>
<head>
<!-- html tags such as title, link, meta etc -->
<script type="text/javascript" src="/path/to/jquery.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/path/to/plugin.js"></script>
<!-- more plugins included if required -->
</head>
<body>
<!-- html here -->
<!-- script is the last thing before the ending body tag (increases performance) -->
<script type="text/javascript" src="/path/to/your_jQuery_code.js"></script>
</body>
</html>