Измените position: absolute на вашем .content div на position: relative.
Абсолютное позиционирование его выводит его (и, следовательно, все содержимое страницы) из потока, сворачивая body до высоты 0. Вы можете проверить это, например, проверив, например, document.body.scrollHeight.
Так как Lightbox видит, что тело не имеет высоты, он только мешает добавить наложение на один полный экран.
Редактировать: В качестве обходного пути для проблемы, отмеченной в комментариях (наложение по-прежнему не охватывает всего, когда лайтбокс выходит за нижнюю часть исходной страницы), вы можете добавить некоторые дополнительные отступы к нижней части стр.