SharePoint - это не приложение ASP.NET MVC, а все веб-формы. Существует проект SharePointMVC CodePlex, который пытается перенести MVC в SharePoint.
В конце концов, вам, скорее всего, придется следовать «веб-формам», чтобы рано или поздно что-то делать с SharePoint. Поэтому, если MVC является требованием, я бы не использовал SharePoint. Однако ваши требования должны соответствовать потребностям клиентов, а не технологиям, которые нужно использовать?
Я бы также не стал использовать только бэкэнд SharePoint. См. этот вопрос по некоторым причинам.