Если я правильно понимаю, вы хотите, чтобы пользователь мог сохранять файл как угодно, но если он сохраняет его как что-либо, кроме .json, чтобы получить сообщение об ошибке.Если это так, то это то, что вы хотите сделать:
JFileChooser chooser = new JFileChooser();
// your code
String filename = chooser.getSelectedFile().toString();
if (!filename.endsWith(".json"))
JOptionPane.showMessageDialog(null, "You should save the file with a .json extension!");
Если вы хотите исправить расширение, вы можете добавить:
filename += ".json";