Файл CSV - RStudio не распознает значения в столбцах [используется пакет pcr]

Question

Я работаю на данных из эксперимента КПЦР. Набор данных, который я хочу использовать, был создан в Excel - таблица из 2 столбцов, 90 строк, все значения являются числовыми (десятичный знак - период). Файл был сохранен как CSV и открыт в RStudio как таковой. Для своей работы я использую пакет pcr (также загружены tidyverse и dplyr). Однако при использовании одной из команд в этом пакете я получаю сообщение об ошибке.

Проверяется длина столбцов, один отображается как 2 (не должно быть, так как имеется 10 переменных, каждая из которых повторяется 9 раз). Другой не распознается

> View(MIR393a_R)
> group_var <- rep(c("Col-0 B", "Col-0 A", "Kyoto B", "Kyoto A", "Kb-0 B", "Kb-0 A", "Db-1 B", "Db-1 A", "Durh-1 B", "Durh-1 A"), each = 9)
> pcr_analyze(MIR393a_R, group_var = group_var, reference_gene ='Reference', reference_group = 'MIR393a', method = 'delta_delta_ct', plot = FALSE)

Что там должно быть: Расчетные значения и ошибки двойной дельты (график не обязателен, если plot = TRUE) Что я получил:

Error: Column `MIR393a` must be length 10 (the number of rows) or one, not 0
In addition: Warning messages:
1: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
2: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
3: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
4: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
5: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
6: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
7: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
8: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
9: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
10: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA

Answer 1

Хорошо, похоже, я наконец-то понял это сам.

Для reference_group в pcr_analyze должна быть выбрана группа из ранее определенного group_var, а не весь столбец.

pcr_analyze(MIR, group_var = gvar, reference_gene = 'Reference', reference_group ='Col-0 B', method = 'delta_delta_ct')

где MIR - это фрейм данных, gvar <- rep (c ('name1', 'name2', ...), каждый = 9), reference_gene = 'Ref' (ранее назначенный как Ref <- MIR $ ReferenceGene), reference_group = 'name1', например </p>

Правильная формула дала вывод

   group    gene    normalized calibrated relative_expression error  lower upper
   <chr>    <chr>        <dbl>      <dbl>               <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
 1 Col-0 A  MIR393a      11.3      4.44                0.0461 1.53  0.0160 0.133
 2 Col-0 B  MIR393a       6.90     0                   1      0.775 0.584  1.71 
 3 Db-1 A   MIR393a       8.84     1.94                0.260  1.85  0.0723 0.936
 4 Db-1 B   MIR393a       8.34     1.45                0.366  1.33  0.146  0.922
 5 Durh-1 A MIR393a       7.72     0.826               0.564  2.89  0.0758 4.19 
 6 Durh-1 B MIR393a       6.96     0.0601              0.959  1.40  0.363  2.54 
 7 Kb-0 A   MIR393a      11.3      4.42                0.0467 1.69  0.0145 0.151
 8 Kb-0 B   MIR393a       8.00     1.11                0.465  2.20  0.101  2.13 
 9 Kyoto A  MIR393a       9.70     2.80                0.143  1.64  0.0459 0.448
10 Kyoto B  MIR393a       9.74     2.84                0.140  1.58  0.0469 0.416

Дело раскрыто:)

Answer 2

Я не знаком с пакетом pcr, который вы используете, но возможно ли, что вы должны установить reference_group = 'MIR393a_R', а не 'MIR393a' в строке pcr_analyze?