Отображение сообщений можно легко избежать следующим образом:
Sub test()
Application.DisplayAlerts = False
'Code
Application.DisplayAlerts = True
End Sub
РЕДАКТИРОВАТЬ
Чтобы избежать предупреждения об обновлении:
Sub test()
Application.AskToUpdateLinks = False
Application.DisplayAlerts = False
'Code
Application.AskToUpdateLinks = True
Application.DisplayAlerts = True
End Sub
И в случае, если выВы просто открываете рабочую книгу, этого достаточно:
Application.Workbooks.Open Filename:="C:\test.xlsx", UpdateLinks:=False