Токен должен быть путем к заголовку авторизации, как в этой сущности :
GITHUB_API="https://api.github.com"
API_TOKEN='your_token_goes_here'
#form a request URL
url=GITHUB_API+"/gists"
print "Request URL: %s"%url
#print headers,parameters,payload
headers={'Authorization':'token %s'%API_TOKEN}
params={'scope':'gist'}
payload={"description":"GIST created by python code","public":True,"files":{"python request module":{"content":"Python requests has 3 parameters: 1)Request URL\n 2)Header Fields\n 3)Parameter \n4)Request body"}}}
#make a requests
res=requests.post(url,headers=headers,params=params,data=json.dumps(payload))
Источник из официальной документации GitHub: " Аутентификация для SAML SSO "