Как сказал Мартин R в своем комментарии, среда, передаваемая программам с графическим интерфейсом, отличается от среды, используемой приложениями оболочки.
Я никогда не находил простого решения проблемы.Я подозреваю, что пути среды устанавливаются либо с помощью launchctl, либо для приложений с графическим интерфейсом предоставляется значение по умолчанию.
Наконец, я закончил тем, что изменил среду, используемую классом Process (Swift).Хотя и не идеально (и, конечно, сложнее, чем я надеялся), оно работает.Вы можете найти полную реализацию, которую я использовал по адресу: GitHub