Ваша единственная возможность - хранить их внутри объектов - переменные с одинаковыми именами в одной и той же области видимости будут переопределяться каждый раз.Измените это в своих файлах JS.
Вместо:
var aVariable = 42;
Сделайте это:
var contents = { aVariable, anotherVariable, /* ...All the variables which have the same names */ };
И убедитесь, что имя contents
уникально для каждого файла.