В упомянутом HowTo размер Ядра составляет около 3 МБ. Следовательно, ядро помещается на флешку:
make ARCH = arm uImage LOADADDR = 0x20008000
[..]
Ядро: arch / arm / boot / zImage готово UIMAGE arch / arm / boot / uImage
Имя изображения: Linux-4.1.0-linux4sam_5.3 + Создано: пт 9 сентября
17:02:45 2016 Тип изображения: ARM Linux Kernel Image (несжатый) Данные
Размер: 3441072 байт = 3360,42 кБ = 3,28 МБ Адрес загрузки: 20008000
Точка входа: 20008000 Арка изображения / arm / boot / uImage is ready
Где вы можете уменьшить размер вашей операционной системы лучше всего, вероятно, rootfs. Удаляя программы и библиотеки вы не используете. Я действительно не знаю yocto, но, видимо, вы устанавливаете qt5, который из вашего описания вам не нужен. (Проще всего было бы использовать большую флэш-карту, кстати)