Нет, вы не можете перенастроить в существующем хранилище.Вам нужна пустая папка с ответами.
Но есть и лучше.Вам просто не нужно повторно мигрировать!
Если вы не очистите необходимые метаданные git-tfs (описанные в https://github.com/git-tfs/git-tfs/blob/master/doc/usecases/migrate_tfs_to_git.md#clean-commits-optional), которые будут препятствовать работе git-tfs, вы можетепросто загрузите новые изменения и отправьте их в репозиторий git.Это нормальное поведение git-tfs.
Просто сделайте:
git tfs pull
git push YOUR_GIT_REMOTE