У меня была такая же проблема, но это PHP решение удалить или нет файл.
Таким образом, чтобы избавиться от этих файлов чаще, мне пришлось добавить следующий код при запуске config.php
if(!headers_sent()){
ini_set('session.gc_probability', 1);
ini_set('session.gc_divisor', 100);
}
Это определяет шанс 1% (1/100) GC удалить файлы сеанса. В сети с низким трафиком 1% - это хорошо.