Вы можете объединить матрицы, используя объединение, как вы запланировали. Во-первых, если вы хотите объединить по именам столбцов, то вам нужно использовать что-то, что будет обращаться к именам столбцов. Просто процитируйте интересующую вас матрицу и имена столбцов (вместо имен строк), и все будет гладко (см. Пример кода ниже).
Приветствия,
m1 = round(matrix(c(rnorm(9, mean = 2)), nrow = 3, ncol = 3), digits = 2)
m2 = round(matrix(c(rnorm(9, mean = 2)), nrow = 3, ncol = 3), digits = 2)
colnames(m1) <- c(letters[1:3])
colnames(m2) <- rev(colnames(m1))
merge(m1,m2, by.x = colnames(m1), all = TRUE)
# > print(m1)
# a b c
# [1,] 1.31 3.27 2.73
# [2,] -0.57 2.35 1.61
# [3,] 0.70 3.10 0.77
#
# > print(m2)
# c b a
# [1,] -0.58 1.62 1.11
# [2,] 2.34 3.22 4.40
# [3,] 1.26 1.19 1.88
#
# > merge(m1,m2, by.x = colnames(m1), all = TRUE)
# a b c
# 1 -0.57 2.35 1.61
# 2 0.70 3.10 0.77
# 3 1.11 1.62 -0.58
# 4 1.31 3.27 2.73
# 5 1.88 1.19 1.26
# 6 4.40 3.22 2.34