yum update myPkg установит наивысшую доступную версию из myPkg (если ее можно установить с правильными зависимостями, конечно).
yum или rpm не знает о серии или API или что-то еще, они просто предполагают, что большее число означает лучшую версию.Точка.
Вы можете прочитать здесь о том, как rpm и yum сравнивают номера версий ...