Какое имя у вашего второго файла?
Vista предполагает, что для определенных имен файлов требуются права администратора - в первую очередь это файлы с именем «setup» или «install».
Кроме того: Если вы хотите, чтобы у вас была возможность запускать программу с правами администратора без Vista, выдает приглашение UAC, то вам не повезло. Это было бы серьезным нарушением безопасности, если бы это было возможно.
Вашей второй программе нужны права администратора?
Что происходит, когда вы пытаетесь выполнить вторую программу прямо из Проводника? UAC подскажите? Если это так, то Vista пытается запустить его с правами администратора либо из-за имени файла, либо из-за того, что запросы манифеста (внутренние или внешние) имеют вид.