Вы можете попробовать это:
var win=window.open( "myurl", "_blank");
win.addEventListener( "loadstop", function(){
var loop = window.setInterval(function(){
win.executeScript({
code: "window.shouldClose"
},
function(values){
if(values[0]){
win.close();
window.clearInterval(loop);
}
}
);
},100);
});
В вызываемом окне просто сделайте это, когда хотите закрыть его
window.shouldClose=true