Для этого я бы порекомендовал вам запустить Shiny на своем собственном веб-сервере с полным контролем. Вот хорошая ссылка, как это сделать.
https://deanattali.com/2015/05/09/setup-rstudio-shiny-server-digital-ocean/
У меня есть сценарии, запускаемые ежедневно, и я планирую эту задачу по CRON. Это довольно легко сделать:
Я даю своим сценариям права на чтение, запись и выполнение с помощью следующей команды
sudo chmod 777 /path/script.R
Вот пример моей задачи CRON:
*/30 * * * * /bin/sh /home/markus/script.R > /tmp/listener2.log 2>&
Сценарий должен, например, манипулировать данными, а затем сохранять их в папке вашего блестящего приложения, где блестящее приложение считывает данные и отображает ожидаемый график.