Формат, который вы используете для печати даты, не имеет ничего общего с точностью. Класс CLLocation - это просто тип данных, который может содержать timeStamp, задокументированный как «Время, когда было определено это местоположение».
Существуют различные системы, которые могут создавать объекты CLLocation и могут вставлять любые timeStamp, которые они хотят. Это может даже включать округление. В вашем случае вы могли бы также смотреть на 2 разные системы в фоновом режиме, предоставляя вам данные о местоположении. Они могут использовать разные способы определения метки времени. Или, может быть, это одна система, которая в какой-то момент начинает срабатывать только тогда, когда начинается новая секунда, и использует ее в качестве метки времени.
В любом случае вам нужно проверить систему, которая создает экземпляры CLLocation, если она говорит о гарантии точности меток времени. Я бы не стал считать это очень точным. Вам нужно будет провести исследование, если существует система, которая может удовлетворить ваше требование: «Мне нужны метки времени, которые с точностью до тысячных долей».