Вы можете изменить часть скрипта package.json из:
"start": "react-scripts start"
для Linux и MacOS:
"start": "PORT=3006 react-scripts start"
Windows для:
"start": "set PORT=3006 && react-scripts start"
А если вы хотите установить новые переменные в среде. Затем добавьте затем в .env файлы оболочки, но начните имя с REACT_APP для ex
REACT_APP_MY_VAR