Я не уверен, что именно вы подразумеваете под "закомментировать" (комментарии обозначены хэшами или как?), Но похоже, что вы хотите добавить знак%. В этом случае
:g/pdf/s/^/%/
должно работать («на всех строках, содержащих« pdf », измените начало строки на%», это то, как вы могли бы прочитать).