Не могли бы вы попробовать следующее (поскольку образцы не были опубликованы, поэтому тестировались только в моей тестовой коробке).
lsof | awk 'match($0,/\/([^ ])*|\/([^$])*/){print substr($0,RSTART,RLENGTH)}'
РЕДАКТИРОВАТЬ: Поскольку OP не нужно иметь файлы с DOT в своих именах (в основном скрытые, я думаю), то можно попробовать следующее.
lsof |
awk '
FNR>1 && match($0,/\/.*/){
val=substr($0,RSTART,RLENGTH)
if(val !~ /\/\./){
print val
}
val=""
}'