В зависимости от того, сколько слов у вас есть другие решения.
data _NULL_;
set STOPWORDS end=e;
if _N_=1 then call execute('data result;set ANNU_COMMENTS;newComment=Comment;');
call execute('if _N_=1 then __'||put(_N_,z30.)||'+prxparse("s/'||trimn(StopWords)||'//");');
call execute('call prxchange(__'||put(_N_,z30.)||',-1,newComment);');
if e then call execute('drop __:;run;');
run;
Это будет принимать стоп-слова генерировать из него шаг данных, чем комментарии этого шага процесса обработки данных.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Удалить только словаграницу слова вы должны использовать \ b в регулярном выражении.
data _NULL_;
set STOPWORDS end=e;
if _N_=1 then call execute('data result;set ANNU_COMMENTS;newComment=Comment;');
call execute('if _N_=1 then __'||put(_N_,z30.)||'+prxparse("s/\b'||trimn(StopWords)||'\b//");');
call execute('call prxchange(__'||put(_N_,z30.)||',-1,newComment);');
if e then call execute('drop __:;run;');
run;