Я бы посоветовал вам поместить всех сотрудников в одну таблицу:
| employee_id | employee_name | employee_other_fields |
+--------------+----------------+------------------------+
| 001 | employee_one | whatever else you need |
Клиенты в одной таблице:
| client_id | client_name | client_other_fields |
+--------------+----------------+------------------------+
| 001 | client_one | whatever else you need |
И, возможно, справочную таблицу, чтобы связать клиентов с сотрудниками, хотя вы могли бы рассмотреть возможность использования внешнего ключа в таблице клиентов, если вы уверены, что никогда не будет или никогда не будет многозначных много отношений между клиентами и сотрудниками.
Я полагаю, что огромное количество запросов является результатом дизайна таблицы на сотрудника, в то время как схема с тремя таблицами должна предусматривать простые-небольшие и быстрые запросы (безусловно, относительно существующей структуры). Очевидно, что это может не сработать для вашего использования, особенно если это требует большого преобразования и повторного ввода данных, поэтому я бы предложил преобразовать количество выборок в формат трех таблиц - или любую другую схему, предложенную в ответах - и проверить, окупают ли затраты во время изменения системы эффективность / улучшения любого изменения.