Вы можете создавать сайты, используя stsadm или через API, используя шаблоны, для которых свойство visible имеет значение false в файлах webtemp * .xml. Файлы webtemp * .xml управляют тем, какие шаблоны видны через пользовательский интерфейс, либо в Central Admin при создании сайта, либо при создании дочерних сайтов.
Возможно, я бы на самом деле не удалил файлы webtemp * .xml. Это звучит как плохая идея.