Используйте вызовы Win32 API FindWindowEx и SendMessage (или SendNotifyMessage , если вы хотите, чтобы элемент управления немедленно вернулся в ваше приложение, не дожидаясь обработки принимающего приложения сообщение).
Конечно, если это Windows.
Кстати, на самом деле это не так уж много греха. Есть гораздо более злые вещи, которые может сделать программу, чем отправка нажатий клавиш в другие приложениях (например, случайное удаление файлов, отправки по электронной почте порно с вашей бабушкой и др.).