Функции map () и filter () не изменяют массив, они возвращают новый массив с результирующими элементами.
В коде, который вы показываете нам, вы нигде не назначаете результат, также вы пытаетесь сравнить массив с числом:
Если вы хотите вернуть значения внутри их упаковочных массивов, вы должны сделать это так:
var arr = [[1],[2],[3],[4],[5]];
var newArr = arr.filter(function(inner){
return inner[0] >= 3;
});
// newArr = [[3], [4], [5]]
вам не нужна функция карты, если вы только фильтруете.