Я предполагаю, что не каждый документ в корзине является двоичным, в противном случае вы можете просто очистить или удалить корзину.
Я думаю, что первичный индекс - ваша лучшая ставка. Я не уверен, почему это ограничение для вас, но, может быть, просто временно создайте его?
Но еще одна вещь, которую вы можете попробовать, - это создать представление Map / Reduce, которое каким-то образом может определить, является ли документ двоичным или нет (может быть, просто на основе ключа?). Затем вы можете написать программу, которая запрашивает карту / уменьшить представление для ключей, и удалять документы по ключу.