Пока вы входите в конфигурацию IIS и изменяете расположение по умолчанию с% SystemDrive% \ InetPub на% SystemDrive% \ www для каждой из служб (web, ftp), проблем быть не должно. Конечно, вы не можете защитить от других приложений, которые могут устанавливать вещи в этот каталог по умолчанию, вместо проверки конфигурации.
Моя рекомендация? Не меняйте его - с этим не так уж сложно жить, и это снижает уровень путаницы для следующего человека, который должен управлять машиной.