Вычисление скорректированных значений p из матрицы с сохранением размеров матрицы в R - PullRequest
0 голосов
/ 26 июня 2019

Я рассчитал меж- и внутри-индивидуальные корреляции, используя функцию statsBy из пакета психики следующим образом:

statsBy(df[,c(1,10,12,13,14,17,20,24:25)], "group", na.rm = TRUE)

Затем я извлек p-значения через:

print(stats$pwg, short=FALSE) #P-values within group cor

Это отображается в виде матрицы. Однако, как указано в справке по функции statsBy, эти значения p не корректируются для множественных сравнений. Я хочу сделать это с помощью метода Бонферонни.

Я попытался сделать это с помощью стандартной команды p.adjust. Тем не менее, это преобразует мою матрицу в класс (я думаю, это класс по крайней мере?) Числовых значений. Это вызывает 2 проблемы:

  1. Понятия не имею, какое значение p принадлежит каким переменным.

  2. Я не могу использовать p-значения в качестве матрицы для функции corrplot (из пакета corrplot).

Есть ли способ использовать p.adjust при сохранении структуры матрицы p-значений? Желательно, чтобы исходные заголовки оставались нетронутыми (хотя это само по себе необязательно).

В качестве альтернативы, есть ли другая функция для расчета p-значений, скорректированных по Бонферонни, без изменения настройки матрицы?

...