Получите набор данных в R с маркерами в виде строк и индивидуумами в виде столбцов

Question

Я только что получил данные miniMUGA от Neogen.У меня есть набор данных, который содержит идентификаторы отдельных лиц, имена маркеров и SNP в виде столбцов.Чтобы начать анализ, я должен создать набор данных, который содержит строки с именами маркеров, идентификаторами отдельных лиц в виде столбцов, и я должен заполнить набор данных SNP.Сначала я создал матрицу, и теперь я должен заполнить матрицу SNP, поэтому с помощью «Allele1 ... Forward Allele2 ... Forward».Кто-нибудь может мне помочь?

genotypes <- read.csv("RawGenotypes.txt", header=TRUE, check.names=TRUE, sep="\t")
genotypes <- genotypes[,1:4]
head(genotypes)

      SNP.Name Sample.ID Allele1...Forward Allele2...Forward
1 B10010006645   6662242                 C                 C
2 B10010013203   6662242                 -                 -
3 B10010019233   6662242                 A                 A
4 B10010021636   6662242                 G                 G
5 B10010023005   6662242                 C                 C
6 B10010030658   6662242                 A                 A

sampleID <- unique(genotypes[,"Sample.ID"])
snpNAMES <- unique(genotypes[,"SNP.Name"])
allGenotypes <- matrix(NA, length(snpNAMES) , length(sampleID), dimnames=list(snpNAMES, sampleID))
head(allGenotypes)

B10010021636      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010023005      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010030658      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
             6662464 6662420 6662442 6662421 6662446 6662422 6662447 6662425
B10010006645      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010013203      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010019233      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010021636      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010023005      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010030658      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
             6662448 6662427 6662452 6662430 6662453 6662433 6662456 6662435
B10010006645      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010013203      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010019233      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010021636      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010023005      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
B10010030658      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
             6662457 6662436 6662458
B10010006645      NA      NA      NA
B10010013203      NA      NA      NA
B10010019233      NA      NA      NA
B10010021636      NA      NA      NA
B10010023005      NA      NA      NA
B10010030658      NA      NA      NA