Не могу проверить это сейчас, но, возможно, это работает:
from google.cloud import bigquery as bq
ejc = bq.ExtractJobConfig()
ejc.destination_format='NEWLINE_DELIMITED_JSON'
extract_job = client.extract_table(
table_ref,
destination_uri,
# Location must match that of the source table.
location='US',
job_config=ejc) # API request
Идея состоит в том, чтобы использовать JSON вместо CSV, чтобы иметь поддержку вложенных данных.