Можете ли вы попробовать следующее:
Сначала установите pip (если не установлен)
sudo apt-get install python3-pip
Затем установите virtualenv с помощью pip3
sudo pip3 install virtualenv
Теперь создайте виртуальную среду
python3 -m virtualenv /path/to/myenv
или
virtualenv -p python3 /path/to/myenv
Вышеупомянутые шаги предназначены для Python 3. Поскольку выиспользуя Python 3, они должны работать.