Вы должны использовать стандартные целочисленные типы, определенные в stdint.h. Затем вы можете использовать int64_t и знать, что на каждой платформе он будет иметь ширину 64 бита.
Затем вы можете просто преобразовать sqlite3_int64 в int64_t, и все готово.