В настоящее время это не реализовано, но возможен обходной путь. Для бэкенда "win32":
import win32gui
from pywinauto.controls.hwndwrapper import HwndWrapper
keyboard_focused = HwndWrapper(win32gui.GetFocus())
Для бэкэнда "uia" (может не работать для приложения WPF):
import win32gui
from pywinauto.controls.uiawrapper import UiaWrapper
keyboard_focused = UiaWrapper(win32gui.GetFocus())
Я подал вопрос № 760 , чтобы реализовать его позже.