Удалить точку с выхода du
:
printf 'pwd: %s size: %s\n' `pwd` `du -sh . | cut -f1`
В противном случае вторая подстановка команд выводит два слова, поэтому printf видит 3 аргумента, поэтому повторяет шаблон для второй пары (точка и ничего).
Вы также можете напрямую использовать pwd в качестве аргумента du, но вам нужно изменить порядок вывода:
printf 'pwd: %s size: %s\n' $(du -sh $(pwd) | awk '{print $2, $1}')