Поскольку Amazon может (и выполняет) запуск модифицированных версий программного обеспечения сервера баз данных, технически ничто не мешает им получить доступ ко всем вашим данным. Шифрование на месте и в пути не имеет значения, поскольку данные должны быть расшифрованы на сервере для обработки SQL. Единственный технический способ гарантировать, что Amazon не сможет получить доступ к вашим данным, - это использовать шифрование на стороне клиента для отдельных полей (что, конечно, впоследствии не может быть легко использовано для условий запроса SQL).
При этом существуют юридические и репутационные ограничения, которые мешают Amazon сделать это. Однако эти ограничения не распространяются на случаи, когда закон обязывает Amazon предоставлять доступ к вашим данным государственным органам.